تم إعادة تأهيل العديد من المساجد الشهيرة في منطقة حائل ، بما في ذلك مسجد قفار ، كجزء من مشروع محمد بن سلمان لتجديد المساجد التاريخية ، والذي سيتم من خلاله ترميم 30 موقعاً دينياً في 10 مناطق.
يعود تاريخ بناء مسجد القفر إلى ما بين 1334 هـ و 1445 هـ عندما أسست رقية بنت عبد الله الموقع بعد وفاة زوجها. رُمم عام 1385 هـ حسب عمود المحراب.
كان المسجد يستضيف صلاة الجمعة عندما يسافر المصلون من القرى المجاورة لأداء الصلاة. تم بناء بيت صلاة حديث داخل حرم المسجد عام 1412 هـ. اليوم المسجد مفتوح للمصلين لأداء الصلوات الخمس وصلاة الجمعة.
